Изобретение относится к технологии комплексной переработки овощей. Способ предусматривает подготовку скорцонера, его измельчение, кавитационное экстрагирование наноструктурированной водой при заданных параметрах процесса с последующим разделением фаз, тангенциальную микрофильтрацию экстракта с получением инулинсодержащего раствора, который может быть отделен в качестве целевого продукта, сконцентрирован и высушен с получением инулина или гидролизован и сконцентрирован с получением сиропа, повторное кавитационное экстрагирование шрота наноструктурированной водой при заданных параметрах процесса с последующим разделением фаз, тангенциальную микрофильтрацию, концентрирование и сушку второго экстракта с получением пектина, отжим и сушку полученного после повторного экстрагирования шрота с получением пищевых волокон. Способ позволяет осуществить комплексную переработку скорцонера при высокой эффективности разделения его компонентов и высокой чистоте целевых продуктов. 2 з.п. ф-лы.