Изобретение относится к технологии комплексной переработки овощей. Способ предусматривает мойку скорцонера, его измельчение, обработку в поле СВЧ до инактивации нативных ферментов, экстрагирование подкисленной водой при заданных параметрах процесса с разделением экстракта и шрота, последовательное пропускание экстракта через мембраны с порогом удержания 6-8 кДа и 0,8-2 кДа с возвратом низкомолекулярной фракции на стадию экстрагирования, концентрирование оставшихся фракций обратным осмосом, объединение концентрата высокомолекулярной фракции со шротом с получением желирующего концентрата, фотостерилизацию и фасовку в асептических условиях оставшегося концентрата с получением инулинсодержащего раствора. Способ позволяет осуществить комплексную переработку скорцонера с полной утилизацией питательных и биологически активных веществ.