Изобретение относится к области медицины, а именно к детской гастроэнтерологии, и может быть использовано для диагностики воспалительных заболеваний толстой кишки. Предложен способ дифференциальной диагностики, при котором сыворотку крови больного исследуют методом инфракрасной спектроскопии. При этом регистрируют высоту пиков полос поглощения с максимумами 1160 см-1, 1150 см-1, 1140 см-1, 1130 см-1. На основании полученных данных рассчитывают показатели спектра поглощения, которые выражают в системе двумерных координат, и проводят дифференциальную диагностику неспецифического язвенного колита и болезни Крона. Способ обеспечивает большую точность и позволяет сократить сроки дифференциальной диагностики воспалительных заболеваний толстой кишки. 1 ил.