Изобретение относится к средствам изменения программы в режиме онлайн в системах автоматизации. Технический результат заключается в повышении надежности работы системы автоматизации за счет контроля перегрузки ЦПУ. Он достигается тем, что предложен способ выполнения изменения программы в режиме онлайн в системе автоматизации, при котором изменение программы в режиме онлайн выполняется с помощью загрузки в ЦПУ системы автоматизации, в котором выполняется текущая прикладная программа, новых программных блоков для подготовки новой прикладной программы, и при котором для предотвращения перегрузки ЦПУ окончательное переключение на новую прикладную программу осуществляется только после того, как после контроля первой обработки всех программных циклов новой прикладной программы не определяется перегрузка ЦПУ. 2 з.п. ф-лы, 2 ил.